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Dos defensores de Gimnasia y Esgrima La Plata, Gustavo Semino y Germán Basualdo, encabezaron la lista anual de expulsados, con 4 sanciones. El último, que jugó el Clausura por Tiro Federal, sigue suspendido por largo tiempo, tras lesionar a Bastía. Y con 3 expulsiones hubo muchos: Alvarez (Est), Cubero (VS), Kruupoviesa (BJ), Ramón (GyEJ), Rivarola (Ros. y Colón), Fabbiani (Lanús) y Tula (River y SL). Y hubo 15 jugadores que fueron expulsados dos veces, una en cada torneo.
| Equipos | Ps | Pg | Pe | Pp | Gf | Gc | Pj |
| Boca Juniors (1) | 87 | 27 | 6 | 5 | 78 | 29 | 38 |
| River Plate | 72 | 20 | 12 | 6 | 52 | 39 | 38 |
| Estudiantes de La Plata (1) | 68 | 20 | 8 | 10 | 60 | 43 | 38 |
| Lanús | 66 | 19 | 9 | 10 | 52 | 39 | 38 |
| Gimnasia y Esgrima (Jujuy) | 59 | 18 | 5 | 15 | 45 | 35 | 38 |
| Vélez Sarsfield | 55 | 13 | 16 | 9 | 44 | 35 | 38 |
| Gimnasia y Esgrima La Plata | 55 | 16 | 7 | 15 | 52 | 62 | 38 |
| Independiente | 55 | 16 | 7 | 15 | 51 | 42 | 38 |
| San Lorenzo | 54 | 15 | 11 | 12 | 44 | 47 | 38 |
| Arsenal | 54 | 14 | 12 | 12 | 43 | 42 | 38 |
| Rosario Central | 51 | 13 | 12 | 13 | 44 | 40 | 38 |
| Banfield | 51 | 14 | 9 | 15 | 49 | 48 | 38 |
| Newell's Old Boys | 47 | 11 | 14 | 13 | 48 | 48 | 38 |
| Racing Club | 45 | 12 | 9 | 17 | 36 | 43 | 38 |
| Argentinos Juniors | 42 | 10 | 12 | 16 | 48 | 56 | 38 |
| Colón (Santa Fe) | 38 | 10 | 8 | 20 | 38 | 60 | 38 |
| Quilmes | 29 | 7 | 8 | 23 | 38 | 66 | 38 |
| Olimpo (Bahía Blanca) (3) | 26 | 7 | 5 | 7 | 22 | 23 | 19 |
| Belgrano (Córdoba) (4) | 23 | 6 | 5 | 8 | 18 | 24 | 19 |
| Nueva Chicago (4) | 22 | 6 | 4 | 9 | 20 | 32 | 19 |
| Godoy Cruz (Mendoza) (4) | 17 | 3 | 8 | 8 | 19 | 26 | 19 |
| Instituto (Córdoba) (3) | 13 | 3 | 4 | 12 | 16 | 37 | 19 |
| Tiro Federal (Rosario) (3) | 12 | 3 | 3 | 13 | 15 | 39 | 19 |
(1) Jugaron un desempate por el primer puesto del Apertura. Ganó Estudiantes a Boca por 2-1.
(3) Jugaron sólo el Apertura, porque ascendioeron de categoría.
(4) Jugaron sólo el Clausura, ya que descendieron de categoría.
Goleadores 2006
| Martín Palermo (Boca Juniors) | 22 (4p) |
| Rodrigo Palacio (Boca Juniors | 19 |
| Ernesto Farías (River Plate) | 16 (1p) |
| Mariano Pavone (Estudiantes) | 15 (1p) |
| Daniel Montenegro (River y Independiente) | 14 (5p) |
| Mauro Zárate (Vélez Sarsfield) | 14 |
| Germán Denis (Colón y Independiente) | 13 |
| Gonzalo HIguain (River Plate) | 13 |
| Claudio Graf (Lanús) | 12 (2p) |
| Marcos Ruben (Rosario Central) | 12 |
| Gonzalo Vargas (Gimnasia y Esgrima) | 12 (2p) |
| Gustavo Balvorín (Gimnasia y Esgrima - Jujuy) | 11 (1p) |
| José Luis Calderón (Arsenal y Estudiantes) | 11 (2p) |
| Oscar Cardozo (Newell's Old Boys) | 11 |
| Federico Higuain (Nueva Chicago) | 10 (2p) |
No mejoró en general la cantidad de goleadores por encima de los 10 goles, aunque el primero si logró superar los 20. Los dos delanteros del líder del puntaje, Boca Juniors, encabezaron la lista de los goleadores anuales. Y los dos arietes del campeón del Apertura, Estudiantes de La Plata, entraron también en ella. El riverplatense Farías mantuvo su regularidad habitual, aunque no se destacó demasiado en la campaña. Daniel Montenegro se destacó en River (Clausura) e Independiente (Apertura), aunque gracias a varios penales. Se lucieron los dos hermanos Higuain, aunque Federico jugó un solo torneo. La dinastía de los Zárate continuó con el menor, uno de los artilleros del Apertura. Y, como siempre, hubo un paraguayo, Oscar Cardozo, y un rosarino, Marcos Ruben. El uruguayo Gonzalo Vargas, de buen desempeño en el Clausura y en el año anterior, no participó del Apertura, Graf mantuvo su regularidad y fue bueno el desempeño del jujeño Balvorín.
ACTUACION DE LA SELECCION ARGENTINA
Amistosos y Eliminatorias 2002/03/04/05
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Boca Juniors apabulló en el acumulado anual, Superando el conflictivo cambio de entrenador en medio del río, sumó 43 puntos en un torneo y 44 en el otro, perdiendo el emocionante desempate con Estudiantes. También Boca fue el más goleador, con una marca aceptable cercana a los 80 goles, superando a un River que lo escoltó en el año aunque no sumó ningún título. Estudiantes mejoró muchísimo en el Apertura y sorprende la posición de Lanús, aunque no estuvo en la pelea por los títulos. También es destacado el puntaje de Gimnasia de Jujuy, que mantuvo la categoría en la primera parte del año y se asentó en la segunda. Equipos como el Gimnasia platense y Banfield, que competirán en la Libertadores 07, no se lucieron en el Apertura. Independiente mantuvo regularidad, sin lucirse, como Rosario, y fueron flojos los desempeños generales de San Lorenzo, Racing, Newell's y Colón. Quilmes está casi condenado al descenso y están expectantes tres ascendidos en esta temporada.
Boca, con el cambio de entrenador a comienzos del Apertura, revolucionó el tema. Porque Basile se fue a la Selección y La Volpe inauguró un estilo directo que tuvo corta duración. Passarella se asentó en River, Burruchaga en Independiente después de su paso por Estudiantes y Simeone, que había comenzado el año como jugador, hizo su experiencia en Racing y se coronó en Estudiantes. Banfield no pudo terminar con Leeb y se asentó Cabrero en Lanús. Gómez volvió con éxito a Gimnasia de Jujuy, tras la mala experiencia en el caótico Quilmes. Troglio se mantuvo en Gimnasia de La Plata y Pumpido en Newell's. La tónica fueron los cambios al vaivén de los resultados en muchos de los equipos.